任何手术都会存在一定的并发症，毛发种植手术可能发生的常见并发症有以下几种。
1、感染、出血、水肿：这三种并发症是所有手术都可能会遇到的问题。感染主要是预防为主，发生后可酌情使用抗生素。出血一般采取压迫止血的措施。水肿可冰敷。
2、瘢痕：多和体质有关，如瘢痕体质则不宜手术。
3、动、静脉瘘：多数可自行消失。如需治疗可手术切除或打封闭。
4、异物反应：由断发被缝入伤口引起，必要时可切开摘除。
但自体单株毛囊移植胡须再造并发症较少，常见的有血肿形成，感染，表皮囊肿形成等。囊肿形成原因与毛囊移植单位植入过深，移植单位上所带表皮进入移植裂隙所致，针刺挑破后常可自愈，但易复发，如移植完毕后仔细检查，高速移植单位深度即可避免。
